在设计阶段中完成项目设计文件的时候，项目开发者需要计算项目的基准线，即不存在该项目情况下的温室气体排放量。对于每一个项目来说，计算基准线所采用的方法学必须得到执行理事会的批准，而且，基准线需要得到指定经营实体的核实。获得批准最简单的方式就是项目建议者采用一个已经批准的方法学；在这种情况下，剩下的工作就是只需要证明这个方法学适用于这个项目（一些方法学已经获得批准，一些尚在评审过程中。相关信息请浏览如下网址http://www.co2-china.com/shownews.asp?id=1339）

　　项目建议者也可以提出新的方法学，但是需要得到执行理事会的审批。如果提议被批准，那么这个方法学就成为适用于该类项目的标准方法学名单中的一个。这一名单包含的方法学会随着时间的推移越来越多。

　　对于不同部门的项目，适用的方法学是不同的。例如，对于提高能效项目来说，基准线的计算需要对现有设备的性能进行测量；对于可再生能源项目来说，基准线计算可以参照项目所处地区最有可能的替代项目的排放量，例如柴油发电对应的排放。

　　计算出基准线以后，项目建议者需要测量项目实际的排放量。监测方法学和监测计划是在项目设计阶段形成的，而实际的测量则发生在项目的整个运行周期中。正如基准线方法学一样，监测方法学同样也需要得到执行理事会的批准。同样，执行理事会也会列出一个已批准方法学的清单，并且不断批准新的方法学。

　　对“泄漏”进行计算也是必要的。所谓泄漏是指审定项目边界之外，可计量的和可归因于清洁发展机制项目活动的温室气体源人为排放量的净变化。在最终的计算中，泄漏将会从项目获得的减排量中减去。例如，已批准的针对垃圾填埋气收集与燃烧项目的基准线方法学中，“泄漏”被定义为收集垃圾填埋气体所需的额外设备消费的电力对应的排放。

　　项目温室气体减排量的计算包括核实监测报告中的数据，然后用基准线减去项目的实际排放量，并且根据泄漏进行调整。